秀康の死因は通説では梅毒による病死とされている。
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しかし秀康の死の直前、慶長12年（1607年）3月5日、弟の忠吉も死去している。連続した、しかも34歳の若さでの死は疑惑を招きやすく、一説では器量が自分より優れていた秀康の存在を恐れた秀忠か、その側近による暗殺ではないかともされている。また、秀康は徳川一門であると同時に豊臣恩顧の大名でもあり、豊臣家支援の姿勢を崩さなかったため加藤清正・浅野幸長らと同様に家康に暗殺されたという説もある
結城姓は後に五男・直基（勝山藩3万石→大野藩5万石→山形藩15万石→姫路藩15万石。姫路入りの直前に死去）が秀康の遺言で継いだが後に松平姓に復し、形式上結城氏は滅亡している。
子は10人おり、越前藩は嫡子である松平忠直が継承した（忠直は松平姓）。なお、忠直の妻は2代将軍徳川秀忠の三女勝姫である。忠直と勝姫との間に松平光長が生まれた。その松平光長は93歳で死んでいる。光長には実の妹が2人おり、公家に嫁いでいる。秀康の後の5人の男子は越前松平家となっており、現在も子孫が続いている。秀康の子女は、忠直、忠昌、直政、直基、直良、喜佐姫、他に数人。
全国の大名のうち、越前藩は御三家に次ぐ制外の家とされた。なお、この特例は忠直以後の子孫達には受け継がれてはいない（光長は徳川御三家と駿府徳川家の次とされ、一応制外の家であったとの説もあるが、福井藩松平家、津山藩松平家や松江藩松平家の家格は、いわゆる親藩大名中でも高い。分家として明石藩松平家・前橋藩松平家など存在した。
天正2年（1574年）2月8日 - 家康の次男として宇布見の中村家で生まれる。
天正12年（1584年）10月 - 羽柴秀吉の養子となり、羽柴の苗字を称し、元服し、羽柴秀吉の一字を賜り秀康と名乗る。従五位下侍従兼三河守。
天正13年（1585年）7月11日 - 従四位下左近衛権少将。三河守如元。
天正17年（1589年）5月 - 結城晴朝の養子となる。
天正18年（1590年）8月6日 - 結城家の家督を相続する。
慶長2年（1597年）9月28日 - 参議。
慶長5年（1600年）11月15日 - 越前国北ノ庄に入る。
慶長8年（1603年）
1月11日 - 参議辞職。
2月25日 - 従三位。
慶長10年（1605年（慶長10年）7月26日 - 権中納言。
慶長11年（1606年）1月10日 - 権中納言辞任。
慶長12年（1607年） - 正三位。
6月8日 - 34歳で病没。梅毒に罹患していたようであり、それが原因で死期を早めたともいわれる。
明治35年（1909年）9月11日 - 贈正二位。